Προετοιμάστε τον καπνιστή σας σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Χρησιμοποιώντας μπισκότα βελανιδιάς ή μεσκίτ, επιτύχετε σταθερή θερμοκρασία 275 έως 300°.

Τοποθετήστε τα τσίλι απευθείας στη σχάρα καπνιστών ή χρησιμοποιήστε ένα ρηχό ταψί με αλουμινόχαρτο μιας χρήσης.

Τοποθετήστε το στο πιο κρύο άκρο του θαλάμου καπνίσματος ή στο επάνω ράφι, εάν ο καπνιστής σας έχει.

Χαμηλώστε το κάλυμμα και καπνίστε τα τσίλι για 2 ½ ώρες ή μέχρι να μαλακώσουν, να ροδίσουν και να ζαρώσουν ελαφρώς.

Αφαιρέστε τα chipotles από τον καπνιστή. Σε μια μέτρια κατσαρόλα που δεν αντιδρά, τα συνδυάζουμε με τον πουρέ τσίλι, το νερό, τον πελτέ ντομάτας, το ξύδι, την καστανή ζάχαρη, το σκόρδο και το αλάτι.

Βάζουμε σε μέτρια φωτιά και αφήνουμε να σιγοβράσει. Μαγειρέψτε, ανακατεύοντας μία ή δύο φορές, μέχρι να γίνει πολύ πηχτή η σάλτσα, περίπου 15 λεπτά. Ψύξτε σε θερμοκρασία δωματίου.

Μεταφέρετε τα chipotles σε ένα καλυμμένο δοχείο αποθήκευσης και βάλτε τα στο ψυγείο για τουλάχιστον 24 ώρες, πριν τα χρησιμοποιήσετε. Μπορούν να διατηρηθούν στο ψυγείο για έως και 2 εβδομάδες ή να καταψυχθούν για έως και 2 μήνες.

Για αποξηραμένες πιπεριές Chipotle:

Αφού αφαιρέσετε τα τσίλι από τον καπνιστή, τοποθετήστε τα σε μια σχάρα και αφήστε τα, καλά σκεπασμένα, σε θερμοκρασία δωματίου, μέχρι να γίνουν τραγανά, ελαφριά και στεγνά, για μία έως δύο εβδομάδες, ανάλογα με την υγρασία. Φυλάσσεται αεροστεγώς σε θερμοκρασία δωματίου.